La costruzione della chiesa, la più antica di epoca angioina della città, in stile gotico, risale all'anno 1270.

Fu edificata nella zona chiamata Campo Moricino, nei presso del luogo dove era stato decapitato solo pochi anni prima Corradino di Svevia per opera di tre cavalieri francesi al seguito di Carlo I d'Angiò, sovrano di Napoli e inizialmente fu dedicata ai santi Eligio, Dionisio e Martino.

La chiesa fu affiancata da un ospedale e l'intero complesso godette della protezione e dei privilegi reali, prima sotto Giovanna I d'Angiò e, successivamente, sotto Giovanna II d'Angiò ed Alfonso I d'Aragona.

Nella prima metà del XVI secolo, il viceré spagnolo Don Pedro de Toledo vi fondò l'Educandato femminile, chiamato conservatorio per le vergini, dove le fanciulle erano istruite al servizio infermieristico presso l'annesso ospedale.

L'importante restauro del secolo scorso ha restituito la chiesa al culto, mettendone in luce i tratti austeri e spogli dell'originario impianto gotico, duramente provati sia dai numerosi rifacimenti succedutosi nel corso dei secoli che dagli eventi bellici del 1943.

Anche delle numerose opere d'arte è rimasto molto poco.